¿SE DEBE DECIR EL AGUA O LA AGUA?

Veamos lo que dice la Real Academia Española de la Lengua a este respecto:

Los sustantivos como agua, águila, área, alma, arma, hambre, hacha, etc. son de género femenino, pero tienen la particularidad de comenzar por /a/ tónica (gráficamente a- o ha-), es decir, el acento de intensidad recae sobre la a inicial. Por razones de fonética, este tipo de palabras, en singular, seleccionan la forma "el" del artículo en lugar de la forma femenina normal "la". Así, decimos el agua, el águila, el aula o el hacha (y NO la águila, la aula o la hacha); sin embargo, en plural decimos las aguas, las águilas o las hachas. Es importante señalar que esta regla se usa solamente cuando el artículo está inmediatamente delante del sustantivo (p.ej. el agua, el hacha); pero si entre el artículo y el sustantivo se interpone otra palabra, la regla queda sin efecto, de ahí que digamos la misma agua, la extensa área o la gran aguila.

También hay que tener presente que el empleo de la forma el del artículo no convierte en masculinos estos sustantivos y puesto que estas palabras son femeninas, los adjetivos deben concordar siempre en femenino: el agua clara (y no el agua claro), el hacha afilada (y no el hacha afilado). el águila majestuosa (y no el águila majestuoso), etc. 

Por su parte, el artículo indefinido una toma generalmente la forma un cuando antecede inmediatamente a sustantivos femeninos que comienzan por /a/ tónica: un área, un hacha, un hada, un águila (si bien no es incorrecto, aunque sí poco frecuente, utilizar la forma plena una: una área, una hacha, una águila). Asimismo, los indefinidos alguna y ninguna pueden adoptar en estos casos las formas apocopadas (algún alma, ningún alma) o mantener las formas plenas (alguna alma, ninguna alma). Al tratarse de sustantivos femeninos, con los demostrativos este, ese, aquel o con cualquier otro adjetivo determinativo, como todo, mucho, poco, otro, etc., deben usarse las formas femeninas correspondientes: esta hacha, aquella misma arma, toda el agua, mucha hambre, etc. (y no este hacha, aquel mismo arma, todo el agua, mucho hambre, etc.).

Ante sustantivos que comienzan por /a/ átona (sin acento de intensidad) se usa únicamente, la forma la: la amapola, la habitación. Debe evitarse, por tanto, el error frecuente de utilizar la forma el del artículo ante los derivados de sustantivos femeninos que comienzan por /a/ tónica, cuando esa forma derivada ya no lleva el acento en la /a/ inicial; así, aunque decimos el agua, debemos decir la agüita, y no el agüita. Este mismo error debe evitarse en el caso de sustantivos femeninos compuestos que comienzan por /a/ átona, pero cuyo primer elemento, como palabra independiente, comienza por /a/ tónica; así, por ejemplo, debe decirse la aguamarina, y no el aguamarina.

EXCEPCIONES: Como toda regla que se respete, esta regla tiene algunas excepciones:

1) Se usa la y no el ante los nombres de las letras a, hache y alfa: La primera letra del alfabeto es la a, La hache es muda.

2) Delante de los nombres propios de mujer, cuando llevan artículo: Esta no es la Ana que yo conocí.

3) Ante las siglas, cuando el núcleo de la denominación no abreviada (normalmente, la palabra representada por la primera letra de la sigla) es un sustantivo femenino que no comienza por /a/ tónica: p.ej. APA (Asociación de Padres de Alumnos). La APA del colegio de mi hija ha sido renovada recientemente, ya que asociación es un sustantivo femenino cuya /a/ inicial es átona.

4) En el caso de los sustantivos que comienzan por /a/ tónica y designan seres sexuados, si tienen una única forma, válida para ambos géneros, se mantiene el uso de la forma la del artículo cuando el referente es femenino, ya que este es el único modo de señalar su sexo: la árabe, la ácrata. Si se trata, en cambio, de sustantivos con dos terminaciones, una para cada género, la tradición nos ha legado el uso de la forma el del artículo ante el nombre femenino, como por ejemplo en el caso de ama o aya. p.ej. ya vienen el ama de llaves y dos mozos». Sin embargo, en los sustantivos que, teniendo asimismo dos terminaciones, han comenzado a usarse solo recientemente en femenino, los hablantes tienden a usar la forma la del artículo, pues se carece, en estos casos, de tradición heredada; es el caso de la palabra árbitra, con la que los hablantes usan, espontáneamente, la forma la y no el: p. ej. La árbitra fue agredida por uno de los jugadores.

5) Cuando el artículo acompaña a topónimos femeninos que comienzan por /a/ tónica, el uso es fluctuante. Con los nombres de continente se emplea la forma el: el África, el Asia; en el caso de las ciudades o los países, en cambio, se emplea con preferencia la forma la, que incluso forma parte del nombre propio en el caso de La Haya; En la Ámsterdam lluviosa de ayer, este no era el único asunto; Lo expulsaron de la Austria católica.

Referencias:

http://www.rae.es/consultas/el-agua-esta-agua-mucha-agua#sthash.M5ulJNCI.dpuf

Diccionario panhispánico de dudas (http://www.rae.es/consultas/el-agua-esta-agua-mucha-agua)